La Terre étant menacée par une nouvelle sorte de vaisseau Wraith’s usant d’un E.P.P.Z, l’expédition Atlantis se voit contrainte de quitter la Galaxie Pégase pour rejoindre la Terre et changer le cours de la situation. Malheureusement, l’hypernavigation du vaisseau de classe Atlantis se retrouve coincé entre la Voie Lactée et Pégase. Ayant pour seul espoir de rejoindre la Terre, le Docteur Zelenka propose de se lancer dans une opération risquée. Auparavant, Rodney Mckay travaillait sur un projet abandonné par les Anciens, un moteur à Vortex. Il permettrait à la cité de se rendre partout où elle le souhaite et en un clin d’œil. Pour simplifier, ce serait un moteur usant sur le même principe que les voyages interportes. Arrivé de justesse,Atlantis sauva la planète en anéantissant le nouveau vaisseau Ruche à l’aide des drones. Malheureusement, ils ne purent se concentrer sur la destruction du vaisseau et du maintien de la cité hors de l’atmosphère terrestre. Atlantis a réussi à ne pas se désintégrer en arrivant sur Terre et se trouve maintenant juste à côté de l’Amérique du Nord, dans l’océan Atlantique.
L’expédition ne pourra donc plus rejoindre la galaxie Pégase étant donné le manque d’énergie à fournir pour la cité. Mais qui sait... des E.P.P.Z peuvent encore être trouvés.